Pour le cerveau, les métabolites produits (ou non produits) par le microbiote auraient une influence dans l'autisme, la maladie de Parkinson, la dépression et la sclérose en plaques. Concernant les poumons, des études suggèrent une implication dans des maladies telles que l'asthme ou encore les allergies respiratoires. Au niveau du système cardiovasculaire, ces derniers joueraient un rôle dans l'ensemble des maladies cardiovasculaires. À propos du côlon et du petit intestin, un impact sur la maladie cœliaque, le syndrome de l'intestin irritable et le cancer colorectal apparaissent comme fort probables. Enfin, notre microbiote et ses métabolites interviennent dans le métabolisme de divers médicaments et pourraient jouer un rôle dans l'apparition d'une stéatose hépatique non alcoolique.
