ils assurent l'hydrolyse (= la digestion) de l'amidon, de la cellulose, etc., ils participent à la synthèse de certaines vitamines (vitamine K, B12, B8). Des animaux élevés sans microbiote (dits axéniques) ont ainsi des besoins énergétiques 20 à 30% fois supérieurs à ceux d'un animal normal. Le microbiote agit en outre sur le fonctionnement de l'épithélium intestinal: des animaux axéniques ont une motricité du tube digestif ralentie, un tube digestif mal formé, un réseau sanguin intestinal moins dense que chez l'animal normal. Le microbiote intestinal participe au fonctionnement du système immunitaire intestinal : ce dernier est indispensable au rôle barrière de la paroi intestinale, soumise dès la naissance à un flot de microbes d'origine alimentaire. Ainsi, des bactéries comme Escherichia coli luttent directement contre la colonisation du tube digestif par des microbes pathogènes.
